06.27

Gdy miasto śpi…
…budo, biotechnologia, bionformatyka i fotografia…
Środowisko programistyczne R swoje potężne możliwości opiera na dołączaniu różnych bibliotek zawierających funkcje przydatne w statystycznej analizie różnych typów danych, m.in. mikromacierzowych. Oto kilka wskazówek jak instalować i zarządzać bibliotekami.
Do ładowania do aktywnej przestrzeni roboczej (workspace) wybranych bibliotek używamy funkcji library() np.
1 | library(limma) |
załaduje bibliotekę Limma, która zawiera zestaw funkcji dla modeli liniowych w analizie danych z dwukolorowych mikromacierzy.
Aby wyświetlić listę zainstalowanych bibliotek wywołujemy tą samą funkcję bez argumentu, czyli:
2 | library() |
Oto kilka ciekawych i moim zdaniem przydatnych rzeczy dla początkujących użytkowników R i Bioconductora. Wszystkie opisane metody działają tak samo na windowsie jak i na systemach linuksowych.
W pierwszym artykule omówię szeroko pojętą pomoc.
Na samym wstępie podstawowa informacja – bardzo się opłaca na początku przygody z R-em i Bioconductorem przeczytać, a przynajmniej przejrzeć te PDFy: