R: pomoc

Oto kilka ciekawych i moim zdaniem przydatnych rzeczy dla początkujących użytkowników R i Bioconductora. Wszystkie opisane metody działają tak samo na windowsie jak i na systemach linuksowych.

W pierwszym artykule omówię szeroko pojętą pomoc.

Na samym wstępie podstawowa informacja – bardzo się opłaca na początku przygody z R-em i Bioconductorem przeczytać, a przynajmniej przejrzeć te PDFy:

Wprowadzenie do R (po polsku)

Opis obiektu ExpressionSet z pakietu Biobase (po angielsku)

oraz opis biblioteki, z którą zamierzamy pracować, np. dla Limmy:

Poradnik użytkownika Limmy (po angielsku)

Alternatywnie, z poziomu R też można otwierać przewodniki i PDFy z opisem bibliotek.

1
2
3
library(limma)

limmaUsersGuide()

Powyższy kod otworzy PDFa z ostatniego linku (znajduje sie on na dysku po instalacji pakietu limma). Aby wyświetlić listę dostępnych opisów pakietów wpisujemy:

4
openVignette()

Wybieramy i czytamy 😉

Zazwyczaj pomoc i opis zainstalowanych bibliotek dostępna jest też w postaci stron w HTML, można je przeglądać w ulubinej przeglądarce internetowej (bez potrzeby łączenia sie z internetem). Stronę startową uruchamia wpisanie w R:

5
help.start()

Bardzo, ale to bardzo, polecam czytanie i wykonywanie różnych ćwiczeń które znaleźć można w Internecie. Przeważnie traktują one o możliwościach konkretnej biblioteki. W poszukiwaniach takowych pomaga Wujek Google, oraz powoli rosnąca lista na tym forum analizy danych.

Dalej, w trakcie naszej pracy w R, aby wyświetlić opis funkcji lub klasy obiektu w każdej chwili wystarczy posłużyć się jednym z dwóch sposobów:

6
7
8
?nazwa.funkcji

help("nazwa.funkcji")

Uwaga, aby pomoc się wyświetliła należy mieć załadowaną aktualnie bibliotekę zawierającą definicje danych funkcji i obiektów. Dla przykładu, chcąc uzyskać informacje o typie obiektu RGList i funkcji NormalizeWithinArrays() wpiszę kolejno:

9
10
11
12
13
library(limma)

?RGList

help("NormalizeWithinArrays")

W przypadku, gdy nie znamy dokładnie nazwy funkcji lub obiektu, możemy przeszukać tematy pomocy z pakietów obecnie załadowanych instrukcją help.search(), np:

14
help.search("duplicates")

wyświetli następującą informację, jeśli załadowany jest pakiet limma:

15
16
17
18
19
20
21
22
DateTimeClasses(base)           Date-Time Classes
duplicated(base)                     Determine Duplicate Elements
class:IRanges(Biostrings)        IRanges and NormalIRanges objects
class:ACtree(Biostrings)          PDict objects
avedups(limma)                      Average Over Duplicate Spots
duplicateCorrelation(limma)   Correlation Between Duplicates
uniquegenelist(limma)            Eliminate Duplicate Names from the Gene List
unwrapdups(limma)                Unwrap Duplicate Spot Values from Rows into Columns

W przypadku gdy wyczerpiemy zasób pomocy w podręcznikach oraz plikach R, ta strona może okazać się baaardzo pomocna:

http://wiki.r-project.org/

Najbogatszym źródłem informacji i rozwiązań problemów z Bioconductorem jest przeszukiwanie listy mailingowej Bioconductora. A jak nie ma tam odpowiedzi na Twoje pytanie, to je zadaj! Bioconductorowcy chętnie pomagają. Instrukcja jak się zapisać jest tutaj.

Wszystkie z w/w metod przydały mi się i nadal mi się przydają. Powodzenia! 🙂

Dodaj komentarz

Twój adres email nie zostanie opublikowany. Pola, których wypełnienie jest wymagane, są oznaczone symbolem *

Test anty-spamowy: *