06.26
Oto kilka ciekawych i moim zdaniem przydatnych rzeczy dla początkujących użytkowników R i Bioconductora. Wszystkie opisane metody działają tak samo na windowsie jak i na systemach linuksowych.
W pierwszym artykule omówię szeroko pojętą pomoc.
Na samym wstępie podstawowa informacja – bardzo się opłaca na początku przygody z R-em i Bioconductorem przeczytać, a przynajmniej przejrzeć te PDFy:
Wprowadzenie do R (po polsku)
Opis obiektu ExpressionSet z pakietu Biobase (po angielsku)
oraz opis biblioteki, z którą zamierzamy pracować, np. dla Limmy:
Poradnik użytkownika Limmy (po angielsku)
Alternatywnie, z poziomu R też można otwierać przewodniki i PDFy z opisem bibliotek.
1 2 3 | library(limma) limmaUsersGuide() |
Powyższy kod otworzy PDFa z ostatniego linku (znajduje sie on na dysku po instalacji pakietu limma). Aby wyświetlić listę dostępnych opisów pakietów wpisujemy:
4 | openVignette() |
Wybieramy i czytamy 
Zazwyczaj pomoc i opis zainstalowanych bibliotek dostępna jest też w postaci stron w HTML, można je przeglądać w ulubinej przeglądarce internetowej (bez potrzeby łączenia sie z internetem). Stronę startową uruchamia wpisanie w R:
5 | help.start() |
Bardzo, ale to bardzo, polecam czytanie i wykonywanie różnych ćwiczeń które znaleźć można w Internecie. Przeważnie traktują one o możliwościach konkretnej biblioteki. W poszukiwaniach takowych pomaga Wujek Google, oraz powoli rosnąca lista na tym forum analizy danych.
Dalej, w trakcie naszej pracy w R, aby wyświetlić opis funkcji lub klasy obiektu w każdej chwili wystarczy posłużyć się jednym z dwóch sposobów:
6 7 8 | ?nazwa.funkcji help("nazwa.funkcji") |
Uwaga, aby pomoc się wyświetliła należy mieć załadowaną aktualnie bibliotekę zawierającą definicje danych funkcji i obiektów. Dla przykładu, chcąc uzyskać informacje o typie obiektu RGList i funkcji NormalizeWithinArrays() wpiszę kolejno:
9 10 11 12 13 | library(limma) ?RGList help("NormalizeWithinArrays") |
W przypadku, gdy nie znamy dokładnie nazwy funkcji lub obiektu, możemy przeszukać tematy pomocy z pakietów obecnie załadowanych instrukcją help.search(), np:
14 | help.search("duplicates") |
wyświetli następującą informację, jeśli załadowany jest pakiet limma:
15 16 17 18 19 20 21 22 | DateTimeClasses(base) Date-Time Classes duplicated(base) Determine Duplicate Elements class:IRanges(Biostrings) IRanges and NormalIRanges objects class:ACtree(Biostrings) PDict objects avedups(limma) Average Over Duplicate Spots duplicateCorrelation(limma) Correlation Between Duplicates uniquegenelist(limma) Eliminate Duplicate Names from the Gene List unwrapdups(limma) Unwrap Duplicate Spot Values from Rows into Columns |
W przypadku gdy wyczerpiemy zasób pomocy w podręcznikach oraz plikach R, ta strona może okazać się baaardzo pomocna:
Najbogatszym źródłem informacji i rozwiązań problemów z Bioconductorem jest przeszukiwanie listy mailingowej Bioconductora. A jak nie ma tam odpowiedzi na Twoje pytanie, to je zadaj! Bioconductorowcy chętnie pomagają. Instrukcja jak się zapisać jest tutaj.
Wszystkie z w/w metod przydały mi się i nadal mi się przydają. Powodzenia! 
No Comment.
Add Your Comment