Kategorie
Biotech & Bioinfo

Rosalind.info – nauka poprzez rozwiązywanie problemów

Nauka programowania + zagadnienia bioinformatyczne + zdobywanie poziomów i odznak + chwała na liście top 100 … można? Można! Świetny pomysł, świetne wykonanie – czego chcieć więcej?

Kategorie
Biotech & Bioinfo

Epidemia? Dowiedz się pierwszy!

„Information is the power”, jak rzecze angielskie przysłowie. Oto świetny przykład wdrożenia tej zasady w życie, i to w służbie ochrony zdrowia. W najnowszym Bioinformatics wyczytałem (artykuł dostępny za darmo) o internetowym systemie BioCaster, mającym za zadanie wczesne przewidywanie wybuchów epidemii. Zespół naukowców z Japonii, USA, Vietnamu i Tajlandii (ciekawe jakiej epidemii się boją 😉 […]

Kategorie
Biotech & Bioinfo

BodyParts3D

W NARze pojawił się artykuł o nowym projekcie medycznej bazy danych typu encyklopedycznego, nazwanej BodyParts3D. Projekt jest w fazie wprowadzania danych w trzech wymiarach z Numerycznej Bazy Danych Modelu Ludzkiego (jp!). Część organów jest już w fazie drugiej, czyli naniesione są na nie poprawki wg. atlasów anatomicznych. W fazie 3, ostatniej, eksperci od anatomii będą […]

Kategorie
Biotech & Bioinfo Foto

Alkoholowy kat

Jak połączyć bioinformatykę z fotografią? W roli aparatu – komputer, w roli modelki – enzym metabolizujący alkohol w naszym organizmie, dehydrogenaza alkoholowa (E.C.1.1.1). Ten, składający się z dwóch jednakowych części enzym czai się w wątrobie, i dobiera się do radośnie krążącego po naszym organizmie alkoholu, kończąc jego żywot. Niestety produkt jego działania, aldehyd octowy, to […]

Kategorie
Biotech & Bioinfo

R: biblioteki (pakiety)

Środowisko programistyczne R swoje potężne możliwości opiera na dołączaniu różnych bibliotek zawierających funkcje przydatne w statystycznej analizie różnych typów danych, m.in. mikromacierzowych. Oto kilka wskazówek jak instalować i zarządzać bibliotekami. Do ładowania do aktywnej przestrzeni roboczej (workspace) wybranych bibliotek używamy funkcji library() np. 1library(limma) załaduje bibliotekę Limma, która zawiera zestaw funkcji dla modeli liniowych w […]